工学院大学 生体生命情報研究室  [日本語] [English]

医療情報と生命情報のデータマイニング

 遺伝子やタンパク質などのハイスループットな計測法(マイクロアレイ、次世代シーケンサなど)が発展し、生命情報のビッグデータが日々生み出されています。一方、電子カルテ等には疾患や治療の履歴などの情報が蓄積されています。両者を結びつけることによって、遺伝子の変異と疾患の罹患率や薬剤応答性の関係が推定できると考えられています。

 このような処理には統計的なアプローチが必要になり、フリーの統計解析環境(言語)であるRが広く使われています。Rを用いるとさまざまな統計手法を手軽に実行できます。しかし、Rはインタプリタ型言語なので、ビッグデータの処理には時間がかかるという欠点があります。

 そこで、本研究室ではRとコンパイラ型言語を組み合わせることによって、簡便かつ高速にビッグデータを処理する方法について研究しています。具体的には、Rcppというパッケージを使ってRとC++言語を連動させる方法について検討しています。

 この研究テーマは、Department of Biomedical Informatics、HMS、Avillach 博士との共同研究です。

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連絡先

工学院大学工学部
電気電子工学科※
生体生命情報研究室
〒163-8677 新宿区西新宿1-24-2
wwc1059[at]www.ns.kogakuin.ac.jp
*[at] は @ に置換えてください。
※2017年度より電気システム工学科から名称変更

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